De nombreux micro-organismes ont la capacité de produire de l’hydrogène. Pour plusieurs espèces de bactéries fermentaires, la production d’hydrogène permet d’extraire de l’énergie à partir de composés organiques, en l’absence de substrats respiratoires tels que l’oxygène. Ainsi, ce sont les protons en solution dans le milieu intracellulaire qui servent d’accepteurs d’électrons pour la réoxydation de cofacteurs nécessaires à la métabolisation des composés organiques. Chez certains micro-organismes photosynthétiques, ces voies de fermentation sont également présentes ; de surcroît, l’énergie solaire peut stimuler la production d’hydrogène, soit à partir de matière organique dans le cas de bactéries photosynthétiques anoxygéniques (on parle alors de « photofermentation »), soit à partir d’eau dans le cas de certaines cyanobactéries et microalgues (biophotolyse de l’eau).
